МРТ головного мозку без контрасту є найбільш безпечним методом діагностики захворювань мозку та протипоказань для його проведення немає. Лікарі не рекомендують робити МРТ в I триместрі, але це протипоказання є відносним, коли користь від діагностики перевищує ризики.
Що стосується проведення МРТ головного мозку з контрастом, то його виконувати під час вагітності заборонено.